A petefészekciszták kezelése a ciszta típusától, okától, méretétől, a nő korától függ. A ciszta felismerésétől a megfigyelésen át a műtétig.
A szülőképes korú nőknél előforduló ciszták többsége funkcionális ciszta. 3 hónapon belül természetes úton megszűnnek, bár szövődményeket okozhatnak.
Ha a ciszta nem szakad meg, vagy vérzést okoz, sebészeti kezelésre van szükség.
A kezelés állhat a cisztát zsugorító gyógyszerek, nem-szteroid gyulladáscsökkentők és fájdalomcsillapítók adásából.
Ha a ciszták kiújulnak, fogamzásgátló tablettákat adnak, hogy megakadályozzák a peteérést és az új ciszták kialakulását.
Rák gyanúja esetén gyakran végeznek laparoszkópiát a ciszták eltávolítására.
A műtéti eltávolítás során a cisztát egy bemetszésen keresztül eltávolítják, és mintát vesznek biopsziás vizsgálatra, hogy kizárják a rákot.